Aus dem Jahre 1852 wird bezeugt, dass es in der Stadt Apolda keine Katholiken gab. Im Jahr 1866 werden ganze 48 Katholiken bei 8.731 Einwohnern gezählt. Mit der aufstrebenden Woll- und Textilindustrie nimmt die Zahl der Arbeiter, von denen ein guter Teil polnischer Katholiken sind, stetig zu.

Schließlich kommt es durch das Engagement des Eichsfelder Industriekaufmanns Ignaz Dunkel zur Sammlung einer kleinen Gemeinde, die sich selbst um Gottesdienst und Schule sorgt.1889 erhält Apolda einen eigenen Seelsorger. Es wird ein Grundstück erworben, auf dem das Pfarrhaus und die Kirche errichtet werden.

Am 1. März 1893 wird der erste Stein für die Kirche in die Erde gesenkt. Am 30. September 1894 wird die Pfarrkirche St. Bonifatius feierlich eingeweiht. Seitdem entwickelte sich ein reges Gemeindeleben, die Zahl der Katholiken stieg stetig an.

1901 wird die Gemeinde zur Pfarrei erhoben. Nach dem 2. Weltkrieg zählt man durch Flucht und Vertreibung aus Ostpreußen, Schlesien und dem Sudetenland 1946 rund 8.000 Katholiken in Apolda.

Seit dieser Zeit hatte die Pfarrgemeinde neben einem Pfarrer immer auch einen Kaplan (bis 1982) und eine Seelsorgehelferin. In den vergangenen Jahrzehnten verkleinerte sich die Pfarrgemeinde sowohl durch eine zurückgehende Geburtenrate als auch durch eine anhaltende Abwanderung.

Ab 1984 gehört die Außenstation Bad Sulza und ab 2005 die Filialgemeinde Camburg zur Pfarrei Apolda, die heute insgesamt ca. 1.500 Katholiken zählt.

Seit 2014 hat die Pfarrkirche keinen "eigenen" Ortspfarrer mehr. Seitdem wird sie vom Pfarrer von Jena geleitet. Ein Pfarrer, der Kooperator in Jena und Apolda ist, wohnt seitdem in Apolda.

Am 01.01.2017 wurden die Pfarrei Apolda und die Pfarrei Jena aufgelöst und als Katholische Pfarrei St. Johannes Baptist Jena neugegründet. Ab diesem Datum ist Apolda keine eigenständige Pfarrei mehr.